Oddział zajmuje się leczeniem systemowym wszystkich nowotworów litych i chorób rozrostowych. Stosowane są wszystkie schematy chemioterapii, immunoterapii i terapii ukierunkowanej molekularnie, wg standardów Polskiej Unii Onkologii. Ponadto leczeni są chorzy z powikłaniami po chemioterapii.
W leczeniu systemowym, skojarzonym z radioterapią Oddział współpracuje z klinikami narządowymi Centrum Onkologii w Warszawie.
Podejmowane są wysiłki na rzecz budowy Zakładu Radioterapii w Siedlcach.
Oddział zajmuje się również diagnostyką chorób nowotworowych w oparciu o własną bazę diagnostyczną - usg, biopsje tkankowe i cienkoigłowe, trepanobiopsje oraz w oparciu o bazę diagnostyczną Szpitala- Zakład Diagnostyki Obrazowej z wielorzędową tomografią komputerową, rezonansem magnetycznym, Pracownią Endoskopową oraz Zakładem Patomorfologii z oceną immunohistochemiczną.
Oddział przyjmuje swoich pacjentów od listopada 1994 roku. W 2001 roku przeniósł się z głównego budynku Szpitala na obecne miejsce zyskując znacznie lepsze warunki socjalne dla pacjentów oraz większą integrację z Poradnią Onkologiczną.
Funkcjonująca w szpitalu Poradnia Onkologiczna z Gabinetem Zabiegowym i Poradnią Chemioterapii zajmuje się podobnym zakresem zadań, świadcząc usługi dla pacjentów ambulatoryjnych, z podawaniem chemioterapii i hormonoterapii, z opieką poszpitalną.
Na oddziale pracuje czworo lekarzy ze specjalizacją z Onkologii Klinicznej, dwóch lekarzy jest w trakcie specjalizacji z Onkologii Klinicznej, a jedna osoba z Chorób Wewnętrznych. Stałym konsultantem Oddziału jest dr hab. n. med. Andrzej Kawecki, Specjalista Wojewódzki ds. Radioterapii.
Zespół lekarski uczestniczy w krajowych i międzynarodowych kongresach, dzięki czemu śledzone są trendy w leczeniu chorób nowotworowych. Stały poziom jest utrzymywany przez szkolenia wewnętrzne. Pielęgniarki pracujące w Oddziale posiadają certyfikaty uprawniające do podawania leków cytotoksycznych. Poziom wiedzy utrzymywany jest również przez uczestnictwo w szkoleniach zewnętrznych i wewnętrznych.
Oddział uczestniczy w badaniach klinicznych nowych leków, schematów leczenia oraz nowych zastosowań leków przeciwnowotworowych. W prasie medycznej ukazało się kilka publikacji ze współautorstwem lekarzy Oddziału. W 2004 roku, w rankingu „Rzeczpospolita" Oddział Onkologiczny Szpitala Wojewódzkiego zajął I miejsce w rankingu oddziałów onkologicznych województwa mazowieckiego.